南康區疾病預防控制中心內設辦公室、業務辦公室、財務科、疾病控制科、衛生監測科、衛生檢驗科、免疫規劃科、艾滋病防制科、生物制品科和預防接種門診。在崗職工66人，其中高級職稱1人，中級職稱22人，初級職稱29人。